学院最早可溯源至1922年南京高等师范专科学校(国立中央大学前身)农业专修科农艺系土壤门(专业)。1952年，南京大学(原国立中央大学)农学院农业化学系、金陵大学农学院土壤组和浙江大学农学院农业化学系的一部分合并成立南京农学院土壤农业化学系，1996年更名为资源与环境科学学院，是我国最早具有硕士、博士学位授予权的单位之一。学院以悠久的历史、雄厚的师资力量、丰硕的教学科研成果以及良好的社会服务在国内外享有盛誉。一批国内外著名的学者如中国工程院院士蔡道基和中国科学院院士侯光炯、朱显漠、王德宝、章申等都曾在本院学习或工作过，数十人成为欧美著名高校、研究所中的杰出学者,另有一批毕业生获得国家***计划专家、国家***、教育部***、“全国中青年科技创新领军人才”、全国农业科研杰出人才等荣誉称号。毕业生中也产生了一些省部级、厅局级、校(所)长等优秀管理者。
学院科研实力雄厚，拥有国家工程中心(科技部)，国家重点实验室(共建)，国家地方联合工程中心(发改委)(共建)，省部级重点实验室和工程中心。在固体废弃物的资源化利用、作物养分资源高效利用和阻控重金属积累的分子遗传基础理论和技术、有机污染物在土壤-植物系统中的生物学行为、农业固碳减排与气候变化应对、沿海滩涂等非耕地资源综合利用等方面引领本学科领域的发展;新型微生物有机肥研发、污泥和污水生物处理工程技术、绿色食品生产等许多成熟技术在生产实践中发挥了重要作用。近年来作为第一完成单位获国家技术发明奖二等奖1项，国家科技进步奖二等奖1项，国家教学成果二等奖1项，省部级奖励10多项。承担着一批国家和地方部门的重大科研项目，年到位科研经费近6000万元，年发表SCI 论文150多篇(单篇平均影响因子约3.5)，其中有较高的比例入选ESI高频引用论文。在国际交流方面，有教育部和国家外专局的“农业资源与环境学科生物学研究”创新引智基地(“111”项目)，与美国、英国、德国、加拿大、澳大利亚、日本、香港等国家和地区的数十所著名高校和研究所建立了较为紧密的合作关系。
