南京农业大学农业资源与生态环境研究所成立于1992年，由农业部批准设立。该研究所的创始人是我国著名土壤和生态学家黄瑞采教授。该所依托于南京农业大学以生命科学为主体的农业科学基础与优势，立足我国南方，面向农业资源利用与生态建设和环境保护的需求，着力构建以地球科学与生命科学交叉、以资源永续利用和生态环境效应研究为特色的学科团队，积极从事我国农业发展中农业资源利用和保护、农业环境问题及治理的科学研究和技术发展，探索农业资源可持续利用、生态协调发展和环境保护的途径和技术，并为国家和国际培养农业资源与环境领域***科学研究和技术人才，是国务院第四至六届学科评议组农业资源与环境一级学科召集人单位，在农业生物地学、农业环境与气候变化、低碳绿色农业技术等领域具有较高国际影响和地位。
该所具有农业资源与环境一级学科(土壤学、植物营养学和农业环境保护等二级学科)和生态学、农业水土工程二级学科的博士后、博士和硕士的培养和学位授予权，同时在环境科学、生态学等学科培硕士研究生。研究生队伍规模较大，培养质量较高，目前在读博士、硕士研究生达50多人，其中博士约占2/5, 外国留学生占1/5。已经培养或正在培养的外国博硕士研究生来自非洲肯尼亚、马达加斯加、马尔代夫、越南、巴基斯坦等国，还接受多名英国、德国、俄罗斯、越南等短期访学研究生。研究生国际合作活跃，平均每年派出研修访学研究生3-6人月，研究生出国参加国际学术会议报告多次。近年来，在读期间平均发表 SCI科研学术论文人均1.9篇，先后获江苏省优秀博士学位论文3篇，获江苏省研究生创新基金项目2项，《地球表层系统土壤学》获全国研究生教育推荐教材。优秀研究生的待遇优厚，并设有企业奖学金多项，在商丘三利新能源有限公司、安徽拜尔福生物科技公司、怀来盛唐葡萄庄园有限公司、江苏森茂生态科技有限公司、江苏田娘农业科技公司设有企业研究生工作站，学习和工作条件居同类学科国内领先水平。
该所技术力量雄厚，装备精良，科学研究条件良好，仪器设备总值1500万元以上。配备有Agilent GC 两台，WATERS HPLC两台，Jena 和Shimazu TOC仪各1台，Biolog Ⅱ微生物群落自动分析仪1台，Vario Max CNS元素分析仪1台， Varian 和TAS-986原子吸收分光光谱仪各1台，F-610原子荧光光谱仪1台，Beckman大容量冷冻离心机和Sovant大容量冷冻干燥仪1台，野外采样车和荷兰Eickjelkamp系列土壤采样装置1套等，野外工作装备齐全。分子生物学方面的研究具备BIO-Rad系列的DNA提取、PCR扩增、DGGE电泳仪，凝胶成像等设备，学校的实验中心和作物遗传与种质创新国家重点实验室还可提供各种电子显微镜、生物学精良设备等条件。
